22 grudnia 2012 roku Jagiellońska Biblioteka Cyfrowa (JBC), tworzona przez Bibliotekę Jagiellońską, stała się największą biblioteką cyfrową w Polsce, zostając liderem wśród bibliotek zrzeszonych w Federacji Bibliotek Cyfrowych (FBC). Zasoby udostępniane przez Jagiellońską Bibliotekę Cyfrową stanowią 15,65% wszystkich publikacji dostępnych za pośrednictwem FBC. Po zaledwie dwóch latach istnienia JBC umożliwia dostęp do 183 169 publikacji, których liczba stale rośnie dzięki pozyskiwanym przez Bibliotekę Jagiellońską środkom na opracowanie i digitalizację zbiorów. Jagiellońską Bibliotekę Cyfrową odwiedziło już ponad 3,1 mln czytelników.

Jagiellońska Biblioteka Cyfrowa powstała dzięki dofinansowaniu ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko na lata 2007–2013.